Вырезание генома ВИЧ

shvarz - человек, который умеет писать о биологии так, что я понимаю. Рекомендую.
==============================================
Originally posted by shvarz at Вырезание генома ВИЧ

pharmazevt попросил прокомментировать две недавно опубликованные работы, о которых писали в новостях:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27194423
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26939770

Как наверно все уже слышали, несколько лет назад у бактерий была обнаружена антивирусная система CRISPR. В новостях она мелькает потому что оказалось что она умеет очень специфично найти и порезать кусок ДНК любой заданной последовательности. Причем работает не только в бактериях, но и например в человеческих клетках.

Авторы статьи решили попробовать натравить эту систему на ВИЧ. ВИЧ, как и прочие ретровирусы, попадает в клетку в виде РНК, на ее основе синтезирует ДНК, и потом встраивает эту ДНК в случайном месте в человеческом геноме. Долгое время считалось, что процесс этот необратим - раз уж геном ВИЧ встроился в геном клетки, обратно его не вырезать. Но потом народ стал пытаться разработать разные хитрые способы для вырезания и довольно долго мучился пытаясь создать подобную систему с нуля, а тут вдруг раз и нашли уже готовую систему - ей надо только последовательность ВИЧ указать и она сделает что надо.

Естественно, никто пациентам подобное сразу вводить не будет. Сначала авторы попробовали данную систему в клеточной культуре и результаты выглядели очень обнадеживающе. Система, как ей и полагается, резала геном ВИЧ (она тем и хороша, что ей практически пофигу что именно резать). Более того - клетки становились устойчивыми к последующим попыткам заразить их ВИЧ. Об этом была первая статья выше.

Следующим шагом (вторая статья) решили попробовать то же самое на животных - мышах и крысах. Живой организм отличается от клеточной культуру тем, что до клеток в нем надо еще суметь добраться. Система работает, когда она уже внутри клетки, но как сделать так, чтобы она внутри этой клетки оказалась? Авторы решили использовать вирус AAV, который можно модифицировать так, что он становится одноразовым средством доставки любого небольшого гена в заражаемую клетку. Вирус "жив" ровно один цикл репликации - доставляет нужный ген в клетку и дальше не распространяется. В данном случае в него встроили систему CRISPR и инструкции, нацеливающие ее на ВИЧ.

Для тестирования вируса авторы создали трансгенных мышей и крыс, которые несли во всех клетках своего организма кусок генома ВИЧ. Сначала они протестировали свой вирус на клетках полученных из этих трансегенных мышей, в клеточной культуре. Честно говоря, меня результаты совершенно не впечатлили - ну да, можно видеть, что в очень небольшом проценте клеток система сработала, но в подавляющем большинстве клеток ВИЧ остался в целости и сохранности. Что именно произошло на этой стадии мне из статьи осталось непонятно, но почему-то эффективность оказалась очень низкой. То ли дело в вирусе, то ли в мышах, то ли в их комбинации.

На этой стадии возможно стоило остановится, но видимо вирус уже был готов, мыши и крысы тоже, и поэтому авторы продолжили эксперимент. Они ввели свой вирус мышам и крысам (дважды), потом распластали их на кусочки и посмотрели что случилось с фрагментами ВИЧ. Как и следовало ожидать, в небольшом проценте клеток ВИЧ оказался порезанным. Это неплохое подтверждение принципиальной возможности такого подхода. Что отдельно стоит отметить - они ввели вирус в хвост, а порезанный ВИЧ нашли и в клетках крови, и в сердце, и в печени, и в мозге. Везде в небольших количествах, но везде. Доовльно круто.

Суммируя - очень хороший шаг в интересном направлении, но данный пример скорее можно использовать как пример того, что хорошей теоретической идеи далеко не всегда достаточно, часто после этого нужны годы и годы работы, чтобы довести хорошую идею до практического результата. И путь всегда непредсказуем, проблемы появляются в самых неожиданных местах и задерживают разработку на годы и миллионы долларов.

P.S: На схожей ноте, видел недавно результаты попыток экспрессировать с помощью AAV антитела широкого спектра действия - тоже довольно неудачные, почему-то не экспрессируются в детектируемых количествах.

Статья Парамонова о книге Барнса о Шостаковиче

Originally posted by svobodaradio at Шумы и шепоты

Борис Парамонов о книге про знаменитого советского композитора, написанной знаменитым английским писателем.



"В спорах о Шостаковиче, до сих пор идущих на Западе и выясняющих, кем он был – униженным гением или трусливым сикофантом, Барнс полностью на стороне Шостаковича".

Джулиан Барнс выпустил новую книгу – о Шостаковиче. Но называется она по-мандельштамовски – “Шум времени”. Это как бы документальная проза, нон-фикшн, но с претензией на художественную организацию текста.

У Барнса был уже подобный опыт – “Попугай Флобера”, вещь, чрезвычайно ему удавшаяся. Это был образец самого настоящего постмодернизма: книга, сделанная из обломков других книг, центон, к структуре которого тяготеет постмодернизм. Обломки Барнс брал из самого Флобера, главным образом из его писем. Соединяя в произвольном порядке темы и обстоятельства жизни своего героя, Барнс создал выразительнейший коллаж. И в общем сам Флобер у него получился таким попугаем: экзотической птицей, умеющей говорить по-человечески. Как бы недочеловек, обладающий чем-то выше человека – художественным даром. Успех был несомненный, и Барнс, как кажется, задумал его повторить в книге о Шостаковиче.




Но так не получилось. Книга совсем не плоха, но не “блестяща”, нет в ней этой легкой игры. И понятно почему: гениальный художник Шостакович жил в таких обстоятельствах, которых не выдержал бы никакой попугай. Такой случай, кстати, рассказан у кого-то из советских мемуаристов. ЧК делала обыск у старухи-аристократки, ища ценности, но ничего у нее не нашлось, кроме попугая, поистине исторического: он принадлежал еще императрице Екатерине. Его изъяли, причем старуха дала инструкцию по его кормежке: какой-то особенной травкой надо было его снабжать. Матросня поместила его в своей прокуренной ментовке и выдала блюдце с моченым горохом. Через неделю попугай умер.

Как же Барнс представил новую свою диковинную птицу? Начал он, пожалуй, в той же постмодернистской манере, но быстро от нее отказался и повествование выстроил почти что линейно. В книге три части, названные по имени транспорта, преимущественно пользуемого Шостаковичем на разных этапах его жизни. Первая часть – поезд (на железнодорожной станции Архангельска, куда Шостакович приехал с концертом, он прочитал статью в “Правде” – “Сумбур вместо музыки”), вторая часть – самолет (поездка в США на некий конгресс, на котором Шостаковича унизили, заставив сказать, что он согласен с советской критикой, разоблачающей вражескую музыку Хиндемита, Шенберга и Стравинского), и третья часть – автомобиль, ведомый персонально выделенным шофером, – знак как бы номенклатурного благополучия самого знаменитого советского композитора. Он пережил Сталина и за жизнь свою бояться перестал, пули в затылок уже не ожидал, но унижения продолжались: Хрущев заставил его вступить в партию, желая продемонстрировать человечеству, какой благородной организацией стала КПСС, коли в ней состоят такие люди. Рассказывая об этом близким, Шостакович заплакал: второй раз в жизни (первый раз – когда в 1955 году умерла любимая жена).



Особенно подробно и с понятным негодованием Барнс пишет о том, как “опустили” Шостаковича в Нью-Йорке. Сделал это Николай Набоков, сам небольшой композитор и кузен писателя. Это он на многолюдном собрании спросил, согласен ли Шостакович с той критикой музыки Хиндемита, Шенберга и Стравинского, которая идет в советской прессе. Понятно, что Шостакович не имел иного выхода, кроме как согласиться с этой критикой. Николай Набоков сам об этом подробно рассказал в своих мемуарах “Багаж”, надо думать, Барнс ими и воспользовался. Но оценка этого эпизода у него негодующая. Он понимает, что так приставать к Шостаковичу – значит сыпать соль на раны, и не имели права делать это люди, пользующиеся полной безопасностью и благополучием. Обстоятельств Шостаковича могли не понимать коренные американцы, но русский Набоков не мог не понимать, тем более стыдно было делать это. Это у Барнса превалирующая точка зрения. В спорах о Шостаковиче, до сих пор идущих на Западе и выясняющих, кем он был – униженным гением или трусливым сикофантом, Барнс полностью на стороне Шостаковича.

Это не значит, что он слеп к слабостям своего героя – отнюдь нет! Он не спорит с тем, что Шостакович был трусом, – просто понимает, что альтернативой была бы смерть, и не только самого Шостаковича, но и всех его близких. И понятным сочувствием полно то место его книги, где он говорит, что трусом было быть еще тяжелее, чем героем: герой, взбунтовавшись, мог погибнуть, это одноразовая акция, а трус продолжал трусить всю жизнь. Барнс несколько раз, неким музыкальным лейтмотивом, вспоминает известный афоризм об истории, первоначально выступающей трагедией, а повторяясь, становящейся фарсом. И делает очень уместное дополнение: в советской истории даже фарс был трагичным, трагедийным.

С этим вполне соглашаешься. Это и есть как бы жанр Шостаковича – трагедийный фарс; это ощущается уже в Первой его симфонии, написанной в возрасте 21 года. Трагедийное звучание всё время перебивается у Шостаковича присутствием каких-то чертенят, мелких бесов. По-другому сказать – и Барнс говорит это, – музыка Шостаковича глубинно иронична. Это вот и есть то, что его спасало – в музыке, увы, а не в жизни.

Барнс начал свою книгу попыткой некоего нестандартного строения – дал на первых страницах дайджест тем жизни Шостаковича, которые потом всплывают в подробном изложении. Это попытка построить книгу о композиторе именно музыкально, лейтмотивно. Один из таких мотивов – воспоминание о даче родителей Шостаковича, в которой были просторные комнаты, но маленькие окна: произошло как бы смешение двух мер, метров и сантиметров. Так и в позднейшей жизни композитора разворачивается эта тема: громадное дарование, втиснутое в оковы мелочной и враждебной опеки.

Но, повторяем, в новой книге Джулиана Барнса очень скоро перестаешь наблюдать за авторскими приемами, затянутый громадной трагической темой. Так и сам автор поступает, так самого его ведет эта тема – за пределы стиля, композиционной выдумки, хитрых приемов построения. Материал одерживает верх над стилем. Так и нужно, когда имеешь дело с таким сюжетом, и говорить о жизни Шостаковича лучше всего прямым текстом – материал таков, что не нуждается в дополнительных эффектах.

И все-таки Барнс видит своего героя победителем. Сквозной афоризм проходит через книгу: история – это шепот музыки, который заглушает шум времени.