если уже уплачено за МС оффис, то чего ж по волосам плакать.
Я использую Визио (хоть и очень редко) для такого рода диаграмм. Главное удобство - что стрелочки, будучи однажды прикреплёнными к боксику, так в месте прикрепления и залипают, сколько боксик ни двигай/деформируй. Интеграция Визио с Оффисом сделана микрософтовским способом, через ком объект, то есть встраивание в документ оставляет возможность удобной ин-плейсной модификации.