Ну вот емкостной измеритель расстояния тоже может мерить перемещения много меньше размера атома (потому что важно усредненное по макроскопической площади положение поверхности).

Вообще надо сравнивать перемещения не с размером атома, а с длиной волны света, и тогда главная трудность становится очевидной - надо поддерживать амплитуды волн в плечах интерферометра одинаковыми с колоссальной точностью (потому что мерится сигнал от деструктивной интерференции, то есть квадрат разности амплитуд). Основной источник шума - квантовая неопределенность в величине амплитуды, отсюда потребность в сжатых состояниях света (см препринт 1310.0383 на архиве).