bgmt: (печать)
Я уж думал, что ничего хорошего к Рождеству вообще не случится. Как-то оно густо нынче на плохое. Но случилось. Два схожих события:

Журнал Nature включил создателя пиратского сайта с научными статьями в список людей года

(хотя вообще-то по-русски женщина-создатель всё же называется создательницей)

и

Немецкие научные библиотеки объявили бойкот всем журналам Elsevier,

Первое из них, безусловно, возмутит толпу граждан российского происхождения или проживания, которые уверены, что все беды в России от несоблюдения законов, а хорошо там, где все законы святы. Я рад, что они возмутятся, люблю дразнить гусей, особенно когда гуси заполонили всё пространство и считают себя главными птицами..

Вот если б ещё американские университеты объявили бойкот издательствам типа Pearson, которые выпускают каждый год новое издание каждого учебника - но не с исправленными ошибками, а с заменёнными номерами упражнений, другими номерами страниц и пр., чтобы трудно  было пользоваться прошлогодним изданием. Учебник при этом весит килограмм пять. Ну подождём, может и объявят.
bgmt: (печать)
[livejournal.com profile] shvarz - человек, который умеет писать о биологии так, что я понимаю. Рекомендую.
==============================================
Originally posted by [livejournal.com profile] shvarz at Вырезание генома ВИЧ
[livejournal.com profile] pharmazevt попросил прокомментировать две недавно опубликованные работы, о которых писали в новостях:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27194423
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26939770

Как наверно все уже слышали, несколько лет назад у бактерий была обнаружена антивирусная система CRISPR. В новостях она мелькает потому что оказалось что она умеет очень специфично найти и порезать кусок ДНК любой заданной последовательности. Причем работает не только в бактериях, но и например в человеческих клетках.

Авторы статьи решили попробовать натравить эту систему на ВИЧ. ВИЧ, как и прочие ретровирусы, попадает в клетку в виде РНК, на ее основе синтезирует ДНК, и потом встраивает эту ДНК в случайном месте в человеческом геноме. Долгое время считалось, что процесс этот необратим - раз уж геном ВИЧ встроился в геном клетки, обратно его не вырезать. Но потом народ стал пытаться разработать разные хитрые способы для вырезания и довольно долго мучился пытаясь создать подобную систему с нуля, а тут вдруг раз и нашли уже готовую систему - ей надо только последовательность ВИЧ указать и она сделает что надо.

Естественно, никто пациентам подобное сразу вводить не будет. Сначала авторы попробовали данную систему в клеточной культуре и результаты выглядели очень обнадеживающе. Система, как ей и полагается, резала геном ВИЧ (она тем и хороша, что ей практически пофигу что именно резать). Более того - клетки становились устойчивыми к последующим попыткам заразить их ВИЧ. Об этом была первая статья выше.

Следующим шагом (вторая статья) решили попробовать то же самое на животных - мышах и крысах. Живой организм отличается от клеточной культуру тем, что до клеток в нем надо еще суметь добраться. Система работает, когда она уже внутри клетки, но как сделать так, чтобы она внутри этой клетки оказалась? Авторы решили использовать вирус AAV, который можно модифицировать так, что он становится одноразовым средством доставки любого небольшого гена в заражаемую клетку. Вирус "жив" ровно один цикл репликации - доставляет нужный ген в клетку и дальше не распространяется. В данном случае в него встроили систему CRISPR и инструкции, нацеливающие ее на ВИЧ.

Для тестирования вируса авторы создали трансгенных мышей и крыс, которые несли во всех клетках своего организма кусок генома ВИЧ. Сначала они протестировали свой вирус на клетках полученных из этих трансегенных мышей, в клеточной культуре. Честно говоря, меня результаты совершенно не впечатлили - ну да, можно видеть, что в очень небольшом проценте клеток система сработала, но в подавляющем большинстве клеток ВИЧ остался в целости и сохранности. Что именно произошло на этой стадии мне из статьи осталось непонятно, но почему-то эффективность оказалась очень низкой. То ли дело в вирусе, то ли в мышах, то ли в их комбинации.

На этой стадии возможно стоило остановится, но видимо вирус уже был готов, мыши и крысы тоже, и поэтому авторы продолжили эксперимент. Они ввели свой вирус мышам и крысам (дважды), потом распластали их на кусочки и посмотрели что случилось с фрагментами ВИЧ. Как и следовало ожидать, в небольшом проценте клеток ВИЧ оказался порезанным. Это неплохое подтверждение принципиальной возможности такого подхода. Что отдельно стоит отметить - они ввели вирус в хвост, а порезанный ВИЧ нашли и в клетках крови, и в сердце, и в печени, и в мозге. Везде в небольших количествах, но везде. Доовльно круто.

Суммируя - очень хороший шаг в интересном направлении, но данный пример скорее можно использовать как пример того, что хорошей теоретической идеи далеко не всегда достаточно, часто после этого нужны годы и годы работы, чтобы довести хорошую идею до практического результата. И путь всегда непредсказуем, проблемы появляются в самых неожиданных местах и задерживают разработку на годы и миллионы долларов.

P.S: На схожей ноте, видел недавно результаты попыток экспрессировать с помощью AAV антитела широкого спектра действия - тоже довольно неудачные, почему-то не экспрессируются в детектируемых количествах.
bgmt: (печать)
До того как стать экономистом, я изучал динамические системы на кафедре дифференциальных уравнений матмеха СПбГУ. Экономику я рассматриваю как динамическую, эволюционирующую систему.

Довольно интересная, хотя в части, как мне показалось, тривиальная статья об экономике с точки зрения физика. Возможно, тривиальности здесь не избежать, потому что - по-видимому - очень мало людей понимает, почему это так сложно изучать.
bgmt: (печать)
К посту http://bgmt.livejournal.com/1002486.html, тому, где фотография участников сольвеевской конференции.

Уже отвечая на комменты, я набрёл на вот этот разговор математика и физика. Так случилось, что в ЖЖ я с обоими, независимо, разругался. (Поэтому я и не видел этого поста и, соответственно, не мог его помнить). Это не мешает мне оценить качество разговора. Я думаю, он кому-то будет очень интересен.
bgmt: (печать)
Лекция Людвига Фаддеева «Математика – шестое чувство физики»

Кстати, там ещё ссылка на полный текст его книги "Лекции по кв. механике для студентов-математиков", сделанной по его лекциям на матмехе 1968-1973 гг.

bgmt: (печать)
Есть такой журнальчик, The New Scientist. Почему я оказался подписан на его рассылку, я не знаю. Как-то случилось. Популярный научный журнал, хорошее дело.
Один раз уже я был сильно удивлён, когда увидел статейку, где сообщалось, что в мозгу есть специальное устройство, задерживающее обработку зрительного сигнала, чтобы учесть тот факт, что скорость света больше скорости звука. Мол, когда ты разговариваешь, то ведь ты видишь движение губ почти сразу, а звук ещё когда дойдёт! И было бы нехорошо, вот и есть задерживающий контур.
Желающим я предлагаю сосчитать размер описываемого эффекта. Для забывших - скорость света 300000 км/сек, звука - 330 м/сек, на каком расстоянии у вас обычно собеседник, сами сообразите.
Но это были цветочки.
В журнале появилась задача. Вот:

if you come up with the best answer, you'll win £100 (or US$160) and see your answer published in a future issue of New Scientist. Tell us:
Fridge magnets must constantly overcome the force of gravity, which suggests they are expending energy. So why don't they run out of juice and fall off after a few years?

Меня здесь особенно умиляет слово suggests. Вообще-то, школьного учителя, который задаст такой вопрос в этой форме, со словом suggests, надо увольнять. Это не описание парадокса (которого и вовсе тут нету), а заведомо неверная подсказка, типа классического поворота на 180 градусов стоящего на подоконнике графина с водой и вопроса, почему у него тёплая та сторона, что в тени. Да нет, хуже даже: вопрос предполагает, что отвечающий просто не имеет ни малейшего представления о связи энергии с работой.
Редакторов журнала, мне кажется, тоже.

Жульё

Sep. 24th, 2013 12:01 pm
bgmt: (печать)
Открытое письмо ИОГен РАН с требованием опровержения несоответствующей действительности информации в фильме РенТВ

а также письмо А.М.Городницкого в связи с фильмом РенТв и другие материалы по реформе РАН


Я не стал перепощивать весь текст, потому что у многих лента будет заполнена одинаковыми перепостами. Однако я очень рекомендую пойти по ссылке.

К этому можно добавить три поста Еськова ([livejournal.com profile] afranius). Первый, продолжение истории во втором, а третий я процитирую:

И Ким. Он вернулся из канцелярии и принес огромную папку с доносами. Девяносто два доноса на меня, все написаны одним почерком и подписаны разными фамилиями. Что я ворую казенный сургуч на почте, и что я привез в чемодане
малолетнюю любовницу и прячу ее в подвале пекарни, и что я еще много чего... И Ким читал эти доносы и одни бросал в корзину, а другие откладывал в сторону, бормоча: "А это надо обмозговать..." И это было неожиданно и ужасно, бессмысленно и отвратительно...


Какое-то от этого кровожадненькое настроение возникает. Знаю, что нехорошо и не туда ведёт, но возникает. Ну не на фонарь, так хоть в дёгте.
bgmt: (Default)
via [livejournal.com profile] marina_p
с некоторым запозданием - так что наверно, большинство интересующихся уже видели - крайне интересное интервью Ю.И.Манина, взятое Михаилом Гельфандом (биологом, внуком И.М. Гельфанда, как мне тут указал [livejournal.com profile] xgrbml). (pdf). Очень, очень интересное.

Пара цитат:

"Очень условно говоря, во времена Ньютона, Эйлера, Лагранжа, Гаусса взаимодействие было настолько тесное, что одни и те же люди занимались математикой и физикой. Они могли себя считать больше математиками или больше физиками, но это были одни и те же люди. Это продолжалось где-то до конца XIX века. ХХ век начал обнаруживать существенную разницу. Поразительный пример – это история общей теории относительности. Эйнштейн не просто не знал математики, он не знал даже, что уже существует именно та математика, которая была нужна ему, когда в 1907 году он начал понимать физику общей теории относительности на своем гениально интуитивном языке. После нескольких лет, посвященных квантам, он вернулся к гравитации и в 1912 году написал своему другу, математику Марселю Гроссману: «Ты должен помочь мне, а не то я с ума сойду!». Их первая статья называлась так: «Набросок общей теории относительности и теории гравитации. I. Физическая часть Альберта Эйнштейна. II. Математическая часть Марселя Гроссмана». Эта попытка была все еще полуудача: найден правильный язык, но не правильные уравнения. К 1915 году уравнения были найдены, затем Гильберт выводит их из своего принципа действия – важность этой задачи, кажется, тоже ускользала от Эйнштейна… Увлекательная игра и сотрудничество великих интеллектов, вовлекшая историков в дурные споры о приоритете: сами главные герои были благородны и щедры на признание заслуг друг друга. "
[…]
"За это время кроме отдельных умов – фон Нойман несомненно был и физиком, и математиком, другого человека такого масштаба в ХХ веке я не знаю – в первой трети века математика и физика развивались параллельно и через некоторое время перестали обращать друг на друга внимание. В 40-х годах Фейнман написал свой замечательный континуальный интеграл как новое средство квантования, проработав его потрясающе математически, – вообразите себе что-то вроде Эйфелевой башни, которая висит в воздухе, без фундамента с точки зрения математики. Вот она вся есть, она вся работает, а стоит она неизвестно на чем. Это продолжается и по сей день. И когда в 50-е годы появились связности в расслоении и оказалось, что интеграл действия, из которого выводится уравнение для ядерных сил, грубо говоря, является давно известным из дифференциальной геометрии уравнением Янга-Миллса, тут математики начали коситься на физиков, а физики начали коситься на математиков. И оказалось парадоксальным и чрезвычайно для меня приятным образом, что мы стали учиться у физиков в большей степени, чем они у нас. Оказалось, что они с помощью квантовой теории поля и аппарата интеграла Фейнмана наработали мыслительные орудия, которые стали им позволять открывать один математический факт за другим. Не доказательства, а открытия. А дальше математики сидят, чешут голову и какие-то из этих открытий формулируют в виде теорем и пытаются их доказать нашими честными средствами. Это показывает, что то, что делают физики, действительно математически осмысленно – и физики говорят: «Мы всегда это знали, но, конечно, спасибо за внимание». Но вообще в результате мы научились у физиков, что надо спрашивать и какие предполагаются ответы – как правило, они оказываются правильными. Потом появляется Виттен, уникальное существо, человек-машина для производства великолепной математики из этой самой башни Эйфеля, висящей в воздухе. Я смотрел в Википедии: он кончал что-то неправдоподобное, то ли факультет журналистики, то ли юриспруденции, то ли еще что-то такое, потом занимался какой-то чепухой, а потом вдруг стал гениальным физиком. Причем таким физиком, что физики, связанные с экспериментом, жутко на него фырчат, косятся и прочее: не предсказал никакого спектра масс; все его предсказания относятся к моменту Большого взрыва, когда неизвестно, что было, и ничего измерить нельзя; все его универсальные законы работают в одиннадцатимерном пространстве; невероятное количество неизвестных параметров; и вообще – это не физика. Я в каком-то смысле даже и согласен. Это хозяин такого потрясающего ментального орудия, которое производит математику невероятной силы и мощи, но исходя из физической интуиции. Причем исходным материалом этой интуиции является не физический мир, а орудие, созданное Фейнманом, и разные его варианты и вариации – орудие вполне математическое, но не имеющее абсолютно никакого математического обоснования. Такой потрясающий эвристический принцип, но не мелочишка какая-то, а, я же говорю, огромное строение, только без фундамента. "

Ну и дальше...
bgmt: (Default)
via [livejournal.com profile] bakhtin, которому большое спасибо

Видеозапись 1981 года: http://videos.soulcravings.net/?p=16

Особо рекомендую юзеру [livejournal.com profile] mask_, в связи с разговором у [livejournal.com profile] marina_p.
bgmt: (Default)
Никогда бы не подумал, что прочту серьёзные, интересные и хорошо изложенные для неспециалистов вещи про природу математики и её место на сайте "Свободы", который вообще-то не отличался особенной научной культурой до сих пор. Тут, однако, они дали Фёдору Богомолову говорить, а не отвечать на дурацкие вопросы, и результат налицо. (Ну, конечно, всё равно текст Богомолова как бы принадлежит как бы автору интервью, Александру Костинскому - его фамилия фигурирует сверху текста. Но это уже придирки).

Profile

bgmt: (Default)
bgmt

January 2017

S M T W T F S
1234567
891011121314
1516 1718192021
22 232425 262728
293031    

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jul. 21st, 2017 08:46 pm
Powered by Dreamwidth Studios